Cục Xây dựng quản lý công trình gồm:

• Cục trưởng, các Cục phó
• Văn phòng cục
• Phòng Kế hoạch - Tổng hợp
• Phòng Thẩm định đầu tư công trình
• Phòng Chế độ Dự án
• Phòng Quản lý Thi công và Chất lượng công trình
• Văn phòng đại diện Cục tại phía Nam