Căn cứ Nghị định số 86/2003/NĐ-CP ngày 18/7/2003 của Chính phủ “Quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn”, Cục Quản lý xây dựng công trình (Cục Quản lý XDCT) được thành lập trên cơ sở từ Vụ Xây dựng cơ bản của Bộ.
Theo Quyết định số 95/2003/QĐ-BNN ngày 04/9/2003 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT “Quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý xây dựng công trình”, Cục Quản lý XDCT là cơ quan trực thuộc Bộ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành về xây dựng công trình nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy lợi, diêm nghiệp và phát triển nông thôn thuộc phạm vi quản lý của Bộ.
Tháng 8/2007, sau khi Bộ Nông nghiệp và PTNT và Bộ Thủy sản hợp nhất, căn cứ Nghị định số 01/2008/NĐ-CP ngày 03/01/2008 của Chính phủ “Quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn”, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ban hành Quyết định số 27/2008/QĐ-BNN ngày 28/01/2008 “Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý xây dựng công trình”, trong đó, quy định Cục Quản lý xây dựng công trình đảm nhận thêm chức năng quản lý nhà nước về xây dựng công trình thủy sản.
Tháng 2/2008, trụ sở làm việc của Cục Quản lý XDCT được chuyển từ số 2 Ngọc Hà về số 10, Nguyễn Công Hoan, quận Ba đình, thành phố Hà Nội. Cục Quản lý XDCT có Bộ phận thường trực đóng tại 135 Pasteur, phường 6, quận 3, TP. Hồ Chí Minh (gọi tắt là Bộ phận B2).
Đến tháng 4/2014, căn cứ Nghị định số 199/2013/NĐ-CP ngày 26/11/2013 của Chính phủ “Quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn”, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ban hành Quyết định số 668/QĐ-BNN-TCCB ngày 14/4/1014 “Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý xây dựng công trình”, trong đó quy định Cục Quản lý XDCT là tổ chức trực thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật trong lĩnh vực đầu tư xây dựng công trình nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy lợi, thủy sản, diêm nghiệp và phát triển nông thôn thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ theo phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng.
Trụ sở làm việc của Cục Quản lý XDCT tại số 10, Nguyễn Công Hoan, quận Ba đình, thành phố Hà Nội.
Cục Quản lý XDCT có Văn phòng đại diện Cục phía Nam đóng tại 135 Pasteur, phường 6, quận 3, TP. Hồ Chí Minh (gọi tắt là B2).
phận B2).
Trong những năm qua, cán bộ, công chức của Cục đã đoàn kết, gắn bó, cùng nhau đóng góp nhiều thành tích trong công tác quản lý đầu tư xây dựng các công trình thủy lợi, nông, lâm, thủy sản, diêm nghiệp và phát triển nông thôn, góp phần xứng đáng vào thành tích chung của toàn ngành trong công cuộc đổi mới, công nghiệp hoá và hiện đại hoá đất nước.